ظهرت بوادر خلاف بين القصر الرئاسي التركي وقيادة الأركان، على خلفية التعامل مع الأزمة، بعد تسريب الجيش إلى صحف مقربة أنباء تفيد بأن إسقاطه الطائرة الروسية جاء بناء على تعليمات مسبقة وأكيدة من الحكومة، وأن القيادة السياسية هي التي تتحمل نتائجه.
وجاء ذلك بعد تسريبات من قبل الحكومة فيها اتهام «عناصر» داخل الجيش بافتعال الأزمة مع روسيا لإحراج أردوغان.
وذكر مصدر عسكري رفيع المستوى رفض كشف هويته في حديث إلى صحيفة «سوزجو» التركية أن قيادة سلاح الجو التركي على علم بهويات كل المقاتلات في الأجواء المحيطة بتركيا، وهو ما يتعارض مع قول الرئيس التركي «لو علمنا أن الطائرة روسية لتصرفنا في شكل مختلف».
كما انتقد المصدر استعجال الرئاسة إعلان «إسقاط طائرة روسية» بعد الحادثة فوراً، مؤكداً أن الجيش حاول «إصلاح هذا الخطأ المتهور» ببيانه الذي صدر لاحقاً، مشيراً إلى إسقاط طائرة «مجهولة الهوية». وزاد: «لو يتعلم هؤلاء السياسيون الصمت لاستطعنا ربما حل المسألة في شكل أسرع».